สำนักงานสภามหาวิทยาลัยพะเยา จัดตั้งตามโครงสร้างของมหาวิทยาลัยพะเยา ที่ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยพะเยา เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2553 โดยให้มีหน้าที่บริหารและธุรการขึ้นตรงต่อสภามหาวิทยาลัย โดยให้มีผู้อำนวยการสำนักงานสภามหาวิทยาลัยเป็นผู้บริหารสำนักงาน

    สำนักงานสภามหาวิทยาลัยพะเยาได้รับการจัดตั้งตามโครงสร้างของมหาวิทยาลัยพะเยา ตามที่ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยพะเยา เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2553 โดยตามมาตรา 9 ให้สำนักงานสภามหาวิทยาลัยทำหน้าที่บริหารและธุรการขึ้นตรงต่อสภามหาวิทยาลัย โดยมีผู้อำนวยการสำนักงานสภามหาวิทยาลัยเป็นผู้บริหารสำนักงาน

              แต่เดิมได้แบ่งโครงสร้างหน่วยงานออกเป็น 3 งาน คือ งานธุรการ งานประชุมและพิธีการและงานเลขานุการที่แต่งตั้งโดยสภามหาวิทยาลัย ต่อมาในปี พ.ศ. 2558 ได้แบ่งโครงสร้างหน่วยงาน ออกเป็น 4 งาน คือ งานธุรการ งานประชุมและประสานงาน งานติดตามประเมินผลและกิจการพิเศษ และงานเลขานุการที่แต่งตั้งโดยสภามหาวิทยาลัย หลังจากนั้น มหาวิทยาลัยพะเยาได้ออกประกาศจัดตั้งสำนักงานสภามหาวิทยาลัย พ.ศ. 2560 โดยให้จัดตั้งเป็นส่วนงาน ตามมาตรา 7(1) แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 และให้เรียกชื่อว่า สำนักงานสภามหาวิทยาลัยพะเยา ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ 22 พฤศจิกายน 2560 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา หน้า 11 เล่ม 135 ตอนพิเศษ 22 ง เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2561 ต่อมาในปี พ.ศ. 2562 มหาวิทยาลัยพะเยาได้มีการปรับปรุงโครงสร้างหน่วยงานย่อยระดับงาน เพื่อให้สอดคล้องและเหมาะสมตามวัตถุประสงค์และนโยบายของมหาวิทยาลัยพะเยา และตามมติที่ประชุมคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยพะเยา ครั้งที่ 9/2562 เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม 2562 มหาวิทยาลัยพะเยาได้ออกประกาศเรื่อง การปรับปรุงโครงสร้างหน่วยงานย่อย ระดับงานภายในสำนักงานสภามหาวิทยาลัยพะเยา ลงวันที่ 28 พฤษภาคม 2562 สำนักงานสภามหาวิทยาลัยพะเยาจึงมีการปรับปรุงโครงสร้างหน่วยงาน ออกเป็น 3 งาน ได้แก่ งานธุรการ งานประชุม และงานกิจการพิเศษ  โดยเปลี่ยนชื่อ “งานเลขานุการที่แต่งตั้งโดยสภามหาวิทยาลัย” เป็น “งานกิจการพิเศษ”